政府部门在明知涉案区域位于自然保护区缓冲区内的情况下仍将涉案区域进行出租、转让用于生产经营，基于与政府部门签订的转让协议，当事人对于涉案区域养殖设施的建设投入具有部分合理的信赖利益。因此，违法建筑的实际损失应界定为当事人基于对行政机关的信任而支出的部分养殖设施建设成本。